เครื่องแยกลูกปัดแม่เหล็กสําหรับการสกัดดีเอ็นเอ: คู่มือการคัดเลือกที่ใช้งานได้จริง

การสกัดดีเอ็นเอส่วนใหญ่เน้นไปที่เคมีของลูกปัดแม่เหล็กอย่างไรก็ตาม ตัวแยกที่บรรจุหลอดเหล่านี้ก็อาจส่งผลต่อการกู้คืน ความบริสุทธิ์ และความสม่ําเสมอของผู้ปฏิบัติงาน

เวลาการจับและความสม่ําเสมอของโซนจับเป็นปัจจัยสําคัญต่อประสิทธิภาพสําหรับเครื่องแยกลูกปัดแม่เหล็กที่จําเป็นเพื่อยึดเม็ดที่จับกับดีเอ็นเออย่างมีประสิทธิภาพโดยไม่กระทบต่อตําแหน่งการยึดที่คาดเดาได้ของลูกปัดในระหว่างการดูดในกรณีที่โซนจับที่อ่อนแอ ไม่สม่ําเสมอ และ/หรือมองเห็นได้ยาก เม็ดอาจสูญหายพร้อมกับน้ํายาชั้นบน หรืออาจลอยอยู่ในบัฟเฟอร์ล้าง

การสกัดดีเอ็นเอด้วยลูกปัดแม่เหล็กทํางานอย่างไร?

การสกัดลูกปัดแม่เหล็กเกี่ยวข้องกับการใช้อนุภาคพาราแมกเนติกที่มีพื้นผิวจับกรดนิวคลีอิกภายใต้สภาวะทางเคมีที่กําหนดไว้อย่างชัดเจนหลังจากการสลายตัว เงื่อนไขการจับที่เหมาะสมจะส่งเสริมการดูดซับกรดนิวคลีอิกลงบนเม็ดแม่เหล็กที่ถูกปรับฟังก์ชัน

สนามแม่เหล็กจะออกแรงต่อเม็ด ทําให้เม็ดเหล่านั้นถูกดึงลงไปก้นหรือเข้าใกล้ผนังของภาชนะตัวอย่างส่วนที่ซ่อนอยู่บนผิวสามารถถูกกําจัดออกได้โดยการดูดโดยไม่ใช้แรงเหวี่ยงก่อนที่ดีเอ็นเอจะถูกชะล้างเข้าสู่บัฟเฟอร์การชะล้าง เกลือ โปรตีน และสารยับยั้งจะถูกชะล้างออกจากกันชน

ตัวแยกไม่ได้มีส่วนร่วมในการจับสารเคมีวัตถุประสงค์ของขั้นตอนนี้คือเพื่อทําให้เม็ดจับได้อย่างน่าเชื่อถือในระหว่างขั้นตอนการแยกและถอดของเหลว ชั้นวางแม่เหล็กผงชูรส จาก Longlight เป็นอุปกรณ์แยกหลอดด้วยแม่เหล็กถาวรที่แยกกรดนิวคลีอิก โปรตีน และเซลล์

ทําไมแม่เหล็กถึงเป็น-สนาม การออกแบบที่สําคัญ?

ประสิทธิภาพของเครื่องแยกไม่สามารถกําหนดได้จากความแข็งแรงของแม่เหล็กเพียงอย่างเดียวระยะห่างระหว่างแม่เหล็กกับตัวอย่าง ความชันสนามแม่เหล็ก รูปทรงท่อ และคุณสมบัติของเม็ด ล้วนมีผลต่อพฤติกรรมการจับ

สนามที่ดีจะรวมเม็ดให้เป็นพื้นที่เล็ก ๆ ที่มองเห็นได้ง่ายสิ่งนี้จะช่วยให้สามารถกําจัดส่วนที่เหนือขึ้นได้โดยไม่รบกวนเม็ดขณะวางปลายปิเปต

รูปแบบการจับที่รุนแรงหรือไม่สม่ําเสมอเกินไปอาจทําให้ลูกปัดจับตัวแน่นและยากต่อการแขวนใหม่การตั้งค่าที่ไม่ดีอาจทําให้ลูกปัดแขวนนานเกินไปเป้าหมายที่เหมาะสมคือการแยกอย่างรวดเร็ว ละเอียด และทําซ้ําได้โดยไม่ทําให้กระบวนการผสมถัดไปซับซ้อนขึ้น

อะไรคือ บาง สถานที่ที่ DNA อาจสูญหายได้?

การสูญเสียเม็ดที่พบบ่อยที่สุดคือเมื่อเอาน้ําส่วนเกินออกและล้างถ้าเม็ดไม่เห็น ปลายหอยอาจดันเม็ดออกและ/หรือดูดเม็ดขึ้นมา

ปัญหาของของเหลวที่เหลืออยู่จะแตกต่างออกไปการถอด wash buffer ออกไม่สมบูรณ์อาจทําให้เกิดการติดตัวของเอทานอล เกลือ หรือส่วนประกอบอื่น ๆ ซึ่งอาจส่งผลต่อปฏิกิริยา PCR, ligation หรือปฏิกิริยา library-preparation

นอกจากนี้ยังสําคัญที่จะไม่ทําให้ผลิตภัณฑ์แห้งเกินไปการทําให้เม็ดน้ําแห้งเกินไปหลังการล้างครั้งสุดท้ายอาจทําให้การแขวนลอยกลับยากและอาจลดประสิทธิภาพการล้างโซนจับลูกปัดที่ใสจะนําทางผู้ปฏิบัติงานไปสู่การถอดที่ถูกต้องและขั้นตอนถัดไปในเวลาที่เหมาะสม

อะไรคือ ดีที่สุด จับคู่ระหว่างรูปแบบและปริมาณของหลอด?

เครื่องแยกควรบรรจุภาชนะจริงที่ใช้ในกระบวนการโดยทั่วไปจะอยู่ในรูปแบบของหลอด PCR, แถบ 8 ท่อ, แผ่น 96 ช่อง, หลอดไมโครเซนทริฟิวจขนาด 1.5 มิลลิลิตร หรือ 2.0 มิลลิลิตร และหลอดกรวยขนาดใหญ่

ตําแหน่งของท่อในแร็คอาจอยู่ไกลจากแม่เหล็กเกินไปสําหรับรูปแบบอื่นการจัดแนวที่ดีเป็นสิ่งสําคัญแม้ท่อจะสามารถใส่ได้จริง เพราะการจัดแนวที่ไม่ดีอาจทําให้เวลาแยกนานขึ้นหรือตําแหน่งเม็ดไม่สะดวก

ปริมาณงานก็มีความสําคัญเช่นกันซีรีส์ MSG ของ Longlight มีรูปแบบปริมาตรขนาดเล็กหลากหลาย ตั้งแต่ตัวอย่างไมโครลิตรจนถึง 2 มิลลิลิตร ในหลอด PCR หลากหลายชนิดและหลอดไมโครเซนทริฟิวจมาตรฐาน

อะไรคือ ขวา ปริมาณ throughput ที่ต้องการ?

ห้องปฏิบัติการวิจัยที่ใช้ตัวอย่างเพียงไม่กี่ชิ้นอาจต้องการชั้นวางขนาดเล็กที่มองเห็นได้ชัดเจนและมีหลอดที่เข้าถึงได้ง่ายรูปแบบต้องเหมาะสมกับห้องปฏิบัติการวินิจฉัยหรือการจัดลําดับ ขนาดของชุดและโปรโตคอลการดูดท่อหลายช่องทาง

การใช้ตําแหน่งที่ไม่ครบทุกตําแหน่งไม่ใช่ปัญหาเสมอไป แต่เมื่อใช้โปรโตคอลหลอดแปดหลอด อาจเกิดความแตกต่างของเวลาระหว่างตัวอย่างเมื่อใช้กับการจัดการแต่ละชิ้นการจับเม็ดที่คาดการณ์ได้ในทุกตําแหน่งมีความสําคัญต่อประสิทธิภาพการผลิตที่สูงขึ้น ซึ่งระยะห่างของหลอดที่สม่ําเสมอก็สําคัญเช่นกัน

พอร์ตโฟลิโอการเตรียมตัวอย่าง NGS ของ Longlight ครอบคลุมการแยกด้วยแม่เหล็ก การวัดปริมาณดีเอ็นเอ การแยกชิ้นส่วนดีเอ็นเอ และอิเล็กโทรโฟรีซิส เพื่อให้กระบวนการทํางานที่บูรณาการมากขึ้นสําหรับการเตรียมตัวอย่าง

การซัก – อย่างไร มันจะเกิดขึ้นจริงหรือ?

หลังจากเม็ดเม็ดรวมตัวแล้ว ให้วางปลายปิเปตไว้อีกฝั่งหนึ่งของเม็ดปล่อยให้ของเหลวถูกดึงออกอย่างช้าๆ เพื่อไม่ให้เม็ดพลาสติกดึงออกจากแม่เหล็ก

เพิ่มบัฟเฟอร์ล้างที่ระบุตามขั้นตอนมาตรฐานขึ้นอยู่กับกระบวนการล้าง อาจล้างโดยใช้ท่อบนชั้นวาง หรืออาจต้องแขวนเม็ดน้ําทั้งหมดระหว่างขั้นตอนล้าง

วิธีการควรระบุว่าเม็ดควรกระจายตัวอย่างสมบูรณ์ในแต่ละขั้นตอนหรือไม่สิ่งปนเปื้อนอาจถูกกักจับเป็นก้อนหากการแขวนลอยไม่สมบูรณ์ และอาจทําให้การจัดการตัวอย่างมีความหลากหลายมากขึ้นหากการผสมรุนแรงเกินไป

ดีเอ็นเอเป็นอย่างไร ถูกชะล้าง จากลูกปัดเหรอ?

เมื่อเสร็จสิ้นการล้างและอบแห้งขั้นสุดท้าย (ควบคุม) ให้ถอดภาชนะออกจากชั้นวางแม่เหล็กเติมบัฟเฟอร์การระบายที่ระบุไว้และแขวนลูกปัดใหม่อย่างละเอียด

การกู้คืนดีเอ็นเออาจได้รับผลกระทบจากอุณหภูมิ ปริมาตรการปล่อย การผสม และเวลาฟักตัวเมื่อการปล่อยเสร็จสิ้น ให้นําท่อกลับไปยังชั้นวางแม่เหล็กและรอจนกว่าเม็ดจะถูกจับกลับอย่างสมบูรณ์และน้ํายาส่วนบนใสก่อนจะถ่ายโอนน้ํายาส่วนบนที่มีดีเอ็นเอ

ตําแหน่งการปล่อยของเม็ดมีความสําคัญอย่างยิ่งหากใช้การปล่อยที่มีปริมาณต่ําเม็ดที่กะทัดรัดซึ่งอยู่ไกลจากโซนดูดจะช่วยให้ได้น้ําละลายมากขึ้น แต่ไม่มีการถ่ายโอนลูกปัด

จะทําได้อย่างไร ตัวคั่น ประสิทธิภาพถูกวัดผลหรือไม่?

ทําการสกัดซ้ําด้วยตัวอย่างเดียวกัน เคมีของเม็ด และผู้ทําการสกัดเดียวกันสังเกตเวลาที่ต้องใช้ในการแยก การมองเห็นเม็ด ความง่ายในการกําจัดน้ําส่วนบน และความง่ายในการแขวนลอยเม็ด

ตรวจสอบปริมาณและคุณภาพของดีเอ็นเอ รวมถึงทดสอบการใช้งานที่คุณต้องการใช้ดีเอ็นเอด้วยแม้ว่าตัวอย่างจะมีอัตราการดูดกลืนที่ยอมรับได้ แต่ตัวอย่างนั้นอาจมีสารยับยั้งในปริมาณเพียงพอที่จะส่งผลต่อการเตรียม PCR หรือห้องสมุดลําดับ

สําหรับหลายท่อและแผ่น ความสม่ําเสมอของตําแหน่งระหว่างตําแหน่งเป็นสิ่งสําคัญทดสอบมากกว่าหนึ่งตําแหน่งทดสอบ – เปรียบเทียบผลลัพธ์ใกล้ศูนย์กลางและที่ขอบ

เมื่อใดจึงจําเป็นต้องใช้ตัวแยกแม่เหล็กชีวภาพขนาดใหญ่ขึ้น?

ชั้นวางท่อสามารถใช้สําหรับงานไมโครลิตรถึงมิลลิลิตรในชีวิตประจําวันอาจจําเป็นต้องแยกสารรีเอเจนต์หลายร้อยมิลลิลิตรหรือไม่กี่ลิตร การแปรรูปชีวภาพ หรือการผลิต

ไม่ใช่ว่าแม่เหล็กที่ใหญ่กว่าจะมีผลในระดับนั้นขนาดของภาชนะ การผสม ระยะการเคลื่อนที่ของเม็ด ความสม่ําเสมอของสนาม และการตรวจสอบกระบวนการมีความสําคัญมากกว่า

Longlight's เครื่องแยกแม่เหล็กชีวภาพ รุ่น MSG-250/MSG-1000 มีประโยชน์สําหรับการขยายขนาดเพื่อแยกกรดนิวคลีอิก การทําให้โปรตีนบริสุทธิ์ และกระบวนการแบตช์อื่น ๆ

รายการตรวจสอบผู้ซื้อ

ตรวจสอบสิ่งต่อไปนี้: ประเภทหลอดที่รองรับ, ช่วงปริมาตรการทํางาน, จํานวนตําแหน่ง และว่าสามารถใช้งานร่วมกับปิเปตแบบช่องเดียวหรือหลายช่องได้หรือไม่ดูตําแหน่งของลูกปัดและตรวจสอบว่าเม็ดยังมองเห็นได้จากมุมทํางานปกติของผู้ปฏิบัติงานหรือไม่

ขอ "ข้อมูลการแยก" ในรูปแบบเม็ดและภาชนะที่คล้ายกับโปรโตคอลของคุณนอกจากนี้ ควรพิจารณาความต้องการในการทําความสะอาด ความต้านทานสารเคมี ความมั่นคงของชั้นวาง และความง่ายในการใส่และถอดท่อโดยไม่ต้องเคลื่อนไหวอย่างกะทันหัน

กลุ่มผลิตภัณฑ์ที่มีหลายเล่มสามารถช่วยให้การฝึกอบรมบุคลากรในห้องปฏิบัติการและการถ่ายทอดวิธีการสําหรับห้องปฏิบัติการที่ใช้รูปแบบการสกัดหลายรูปแบบเป็นไปอย่างสะดวกการแยกด้วยแม่เหล็กและอื่น ๆ เป็นของ Longlight โซลูชันเวิร์กโฟลว์ห้องปฏิบัติการทั่วไป

บทสรุป

ความแม่นยําในการกําจัดน้ํายาล้างและปริมาณวัสดุที่ยึดดีเอ็นเอที่เหลืออยู่ในท่อได้รับอิทธิพลโดยตรงจากเครื่องแยกเม็ดแม่เหล็กสําหรับการสกัดดีเอ็นเอเม็ดที่มองเห็นได้และตําแหน่งท่อที่ถูกต้องช่วยให้เกิดการกู้คืนที่สูงขึ้นและความสามารถในการทําซ้ําที่ดีขึ้นด้วยการจับเม็ด Uniform

ต้องพิจารณาเครื่องแยกนี้ร่วมกับเคมีของเม็ด ปริมาตรตัวอย่าง และเทคนิคการจัดการของเหลวผู้ใช้ห้องปฏิบัติการสามารถส่งอีเมลขนาดหลอด ขนาดชุด และ/หรือข้อกําหนดปริมาตรการทํางานไปยัง Longlight หน้าติดต่อ สําหรับการจับคู่สินค้า

คำถามที่ถามบ่อย

Q1. ตัวแยกแม่เหล็กจะจับ DNA โดยตรงหรือจับกับโมเลกุลอื่นที่จะจับกับ DNA ได้?

ไม่ใช่ลูกปัดถูกเคลือบด้วยเคมีบนผิวที่จับกับดีเอ็นเอตัวแยกสามารถเก็บเม็ดเหล่านี้ไว้และดูดของเหลวรอบๆ ออกไปได้

Q2. มีแร็คแม่เหล็กหนึ่งอันสําหรับท่อแต่ละประเภทหรือไม่?

โดยปกติแล้วจะไม่เป็นเช่นนั้นต้องตรวจสอบปริมาตรการทํางานและรูปทรงของท่อ เพราะความพอดีทางกายภาพไม่ได้หมายความว่าจะรักษาระยะห่างที่ถูกต้องจากแม่เหล็กเสมอไป

Q3. ควรใช้เวลาเท่าไหร่สําหรับการแยกด้วยแม่เหล็ก?

ขึ้นอยู่กับคุณสมบัติของเม็ด ปริมาตรตัวอย่าง ความหนืด รูปทรงท่อ และการออกแบบแม่เหล็กดําเนินการตามโปรโตคอลที่ผ่านการตรวจสอบ และรอจนกว่าน้ําที่ปกคลุมจะใส

คําถามที่ 4 ทําไมถึงมีลูกปัดแม่เหล็กในขั้นตอนสุดท้าย?

อาจรบกวนเม็ดขณะสูดหรือเวลาทําความสะอาดสั้นเกินไปใส่ท่อกลับเข้าไปในแม่เหล็กอย่างระมัดระวังและถ่ายโอนน้ําส่วนบนอีกครั้ง

Q5. เป็นไปได้ไหมที่จะสกัด RNA โดยใช้ตัวแยกแม่เหล็ก?

ใช่ ด้วยเคมีและขั้นตอนการสกัดเม็ดจับ RNA ที่เหมาะสมอย่างไรก็ตาม ต้องดําเนินการควบคุม RNase