ชีวสารสนเทศศาสตร์ไม่ใช่ "กล่องดํา" อีกต่อไป: บริการจัดลําดับชิป| การวิเคราะห์ข้อมูลที่ได้มาตรฐาน

บริการจัดลําดับชิปได้เปลี่ยนจากการทดลองเฉพาะกลุ่มไปสู่กลไกการค้นพบกระแสหลักซึ่งปรับเปลี่ยนวิธีที่นักวิทยาศาสตร์เข้าใจการควบคุมจีโนมและโรค Barski และเพื่อนร่วมงานได้ทําโปรไฟล์การดัดแปลงฮิสโตนอย่างกว้างขวางใน Cell (2007) ChIP-seq ได้เร่งสนาม ENCODE Consortium รวมถึงทีมที่นําโดย Michael Snyder ได้ปรับขนาดแผนที่ปัจจัยการถอดความ ในขณะที่กลุ่มของ Richard A. Young ใช้ ChIP-seq เพื่อกําหนดเครือข่ายพหุศักยภาพในสเต็มเซลล์ ที่ Longlight Technology เราสร้างมรดกนี้ด้วยบริการจัดลําดับชิปที่รวมแบบ end-to-end เข้ากับการวิเคราะห์ข้อมูลที่ได้มาตรฐานเพื่อเพิ่มความสามารถในการทําซ้ําและแปลงข้อมูล ChIP-seq ให้เป็นข้อมูลเชิงลึก - ลบ "กล่องดํา" ชีวสารสนเทศและช่วยให้ตัดสินใจได้อย่างมั่นใจ

(Johnson, Mortazavi, Myers, การเปิดเผยปัจจัยการถอดความและการปรับเปลี่ยนฮิสโตนร่วมกัน

และพลวัตข้ามสายเซลล์โดยการรวมข้อมูล ChIP-seq และ RNA-seq วิทยาศาสตร์ (2007))

บริการจัดลําดับชิปให้อะไรบ้าง

การตกตะกอนของภูมิคุ้มกันโครมาตินตามด้วยการจัดลําดับ (ChIP-seq) จะสอบถามปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนกับดีเอ็นเอทั่วทั้งจีโนม ด้วยการจับชิ้นส่วนโครมาตินที่ถูกผูกมัดโดยปัจจัยการถอดความหรือฮิสโตนและอ่านออกด้วยการจัดลําดับปริมาณงานสูง Chip Sequencing Services จะแปลไซต์ที่มีผลผูกพัน ทําแผนที่ภูมิทัศน์การปรับเปลี่ยนฮิสโตน และหาปริมาณการเปลี่ยนแปลงการเข้าพักภายใต้เงื่อนไขต่างๆ

เทคโนโลยี Longlight มอบเวิร์กโฟลว์แบบครบวงจร: การเตรียมตัวอย่าง การตัดโครมาติน การสร้างห้องสมุด การจัดลําดับขั้นสูง และการวิเคราะห์ข้อมูลที่เข้มงวด บริการของเราเหมาะสําหรับตัวอย่างขนาดเล็ก รองรับการวิเคราะห์ยีนหรือภูมิภาคเฉพาะตามวัตถุประสงค์ในการวิจัยของคุณ และใช้การตรวจสอบคุณภาพอย่างเข้มงวดในแต่ละลิงก์เพื่อให้มั่นใจในความถูกต้อง เมื่อรวมกับอัลตราโซนิกที่มุ่งเน้นของเราเพื่อการตัดโครมาตินที่แม่นยําและรีเอเจนต์และวัสดุสิ้นเปลืองคุณภาพสูงรวมถึงหลอด Qubit และชุดเตรียมห้องสมุดที่คัดสรรมาอย่างดีเราส่งมอบรายงานข้อมูลที่สมบูรณ์และข้อมูลดิบพร้อมตัวชี้วัดคุณภาพที่โปร่งใส

(การทําโปรไฟล์ความละเอียดสูงของฮิสโตนเมทิลเลชันในจีโนมมนุษย์)

ชีวสารสนเทศไม่มีอีกต่อไป a "กล่องดํา"

ความท้าทายของบริการจัดลําดับชิปจํานวนมากคือความไม่สอดคล้องกัน: การโทรสูงสุดแบบแปรผันการทําให้เป็นมาตรฐานที่ไม่สามารถเปรียบเทียบได้ QC ทึบแสงและการส่งมอบที่กระจัดกระจาย เทคโนโลยี Longlight บังคับใช้มาตรฐานที่เหมือนกันตลอดวงจรชีวิตการวิเคราะห์ เพื่อให้มั่นใจถึงความสอดคล้องตั้งแต่การรับตัวอย่างไปจนถึงการรายงานเชิงตีความ

ไปป์ไลน์ที่สอดคล้องกันพร้อมการควบคุมที่ผ่านการตรวจสอบและการตัดสินใจที่อธิบายได้และเป็นเอกสารเป็นรากฐานของทุกการวิ่ง เมทริกซ์ QC ประกอบด้วยการกระจายขนาดเม็ดมีด, ดัชนีความซับซ้อนของไลบรารี, คุณภาพการจัดตําแหน่ง (เช่น อัตราการแมป), อัตราการทําซ้ํา, สัญญาณรบกวนพื้นหลัง (เช่น FRiP/SNR) และความสามารถในการทําซ้ํา (เช่น สหสัมพันธ์แบบจําลอง/IDR) เรานําเสนอรายงานที่ครอบคลุมซึ่งเชื่อมโยงจุดสูงสุดกับความหมายทางชีววิทยา - เชื่อมโยงการครอบครองปัจจัยการถอดความกับโปรแกรมการแสดงออกของยีน เครื่องหมายฮิสโตนกับสถานะโครมาติน และเหตุการณ์ที่ผูกพันร่วมกับโมดูลควบคุม ด้วยการบังคับใช้มาตรฐานทั่วไปสําหรับอินพุต กระบวนการ และเอาต์พุต เราจึงสามารถเปรียบเทียบข้ามโครงการและป้องกันการเบี่ยงเบนของการวิเคราะห์ได้ ชีวสารสนเทศสามารถตรวจสอบย้อนกลับได้อย่างเต็มที่ ตรวจสอบได้ และพร้อมในการตัดสินใจ

• ความสามารถในการทําซ้ําโดยการออกแบบ

•เครื่องมือที่ทําซ้ําได้: เครื่องมือที่ปักหมุดเวอร์ชันการอ้างอิงที่ตรวจสอบแล้วและสคีมาพารามิเตอร์ต่อการทดสอบ

• QC เชิงปริมาณ: ตัวชี้วัดเครื่องมือ, คุณภาพการอ่าน SNR / การอ่านล่วงหน้า, FRiP / NSC / RSC หลังจุดสูงสุด, จําลอง IDR

•แพคเกจที่สมบูรณ์: ข้อมูลดิบ / ประมวลผลแคตตาล็อกสูงสุดช่วงเวลาที่มีคําอธิบายประกอบรวมถึงการกําหนดค่าและที่มาของรันไทม์

• การวิเคราะห์เป้าหมาย: มุ่งเน้นไปที่ยีนหรือภูมิภาคเฉพาะเมื่อโครงการเรียกร้องให้มีข้อสรุปที่แคบและขับเคลื่อนด้วยสมมติฐาน

ทําไมต้อง Longlight Technology

Longlight Technology รวมฮาร์ดแวร์ห้องปฏิบัติการระดับบนเข้ากับสารสนเทศที่มีประสิทธิภาพเพื่อยกระดับบริการจัดลําดับชิปในสภาพแวดล้อมทางวิชาการ คลินิก และอุตสาหกรรม

•การดําเนินการแบบครบวงจร: ให้เซลล์คงที่หรือเนื้อเยื่อแช่แข็ง เราเสร็จสิ้นการเตรียมการการตัดการสร้างห้องสมุดการจัดลําดับและการวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศ

•น่าเชื่อถือโดยการออกแบบ: QC อย่างต่อเนื่องระบุชีววิทยาที่คุณสนใจ - ลงไปถึงยีนและภูมิภาค

• ตัวอย่างขนาดเล็ก? ไม่มีปัญหา แนวทางที่เน้นความอ่อนไหวเป็นอันดับแรกของเราดึงข้อมูลเชิงลึกสูงสุด

•รายงานที่พูดภาษาของคุณ - การผูก TF, เครื่องหมายฮิสโตน, รูปแบบการผูกมัดร่วมและการติดตาม Pol II

• สแต็กวัสดุสิ้นเปลืองแบบครบวงจรให้ความสม่ําเสมอตั้งแต่เจลไปจนถึงห้องสมุด

•อัลตราโซนิกที่มุ่งเน้น: การตัดที่แม่นยําซึ่งเพิ่มความจําเพาะในการเพิ่มคุณค่าและปรับปรุงประสิทธิภาพของห้องสมุด

• จากตัวอย่าง to ข้อมูลเชิงลึก: tขั้นตอนการบริการ

เราลดความซับซ้อนของการย้ายจากคําถามทางชีววิทยาไปสู่คําตอบที่มั่นใจ คุณส่งเซลล์คงที่หรือเนื้อเยื่อแช่แข็ง เราส่งคืนข้อมูลเชิงลึกที่ชัดเจนโดยมีแรงเสียดทานน้อยที่สุดและความโปร่งใสอย่างสมบูรณ์

•การบริโภคและการจัดการที่ได้มาตรฐานเพื่อรักษาโครมาติน

•การสอบเทียบ sonication สําหรับชิ้นส่วนที่ทําซ้ําได้และพอดีกับเป้าหมาย

• การผูกที่สมดุล / PCR เพื่อรักษาความซับซ้อนของห้องสมุด

•ความลึกของการจัดลําดับที่ตรงกับเป้าหมาย TF / ฮิสโตน

•การวินิจฉัย QC และการจัดตําแหน่งแบบเลเยอร์

• การวิเคราะห์จุดสูงสุด / ดิฟเฟอเรนเชียล / ลวดลาย / การผูกมัดร่วมด้วยคําอธิบายประกอบยีน

•รายงานข้อมูลภาพและสรุปการตีความ

โปรแกรม ประยุกต์ and อิมแพ็ค

บริการจัดลําดับชิปให้ความกระจ่างแก่ชีววิทยาการกํากับดูแลในบริบทตั้งแต่การพัฒนาไปจนถึงโรค ด้วยการทําแผนที่การมีอยู่ของโปรตีนที่ไซต์จีโนมคุณสามารถวาดแผนที่การครอบครองโปรตีนภายในพื้นที่เป้าหมายการทดสอบการเกิดขึ้นร่วมกันของเครื่องหมายฮิสโตนที่สัมพันธ์กับการแสดงออกของยีนและตําแหน่ง RNA polymerase II และการจับทรานส์แฟกเตอร์ได้อย่างแม่นยํา ในทางเภสัชวิทยา ChIP-seq สนับสนุนการศึกษากลไกการออกฤทธิ์ ในการวิจัยและพัฒนาชีวเภสัชภัณฑ์จะตรวจสอบการมีส่วนร่วมของเป้าหมาย ในการวิจัยทางวิชาการ จะถอดรหัสโปรแกรมการถอดความที่ควบคุมชะตากรรมของเซลล์

แนวทางของเราเชื่อมโยงเอาต์พุต ChIP-seq กับการเล่าเรื่องทางชีววิทยา การวิเคราะห์ลวดลายเผยให้เห็นลําดับการกําหนดการผูกมัด เมทริกซ์ที่ผูกพันร่วมเน้นความร่วมมือด้านกฎระเบียบ โปรไฟล์การดัดแปลงฮิสโตนแบ่งส่วนสถานะโครมาติน คําอธิบายประกอบแบบบูรณาการเชื่อมโยงจุดสูงสุดกับโปรโมเตอร์ ตัวเพิ่มประสิทธิภาพ และร่างกายยีน เนื่องจากไปป์ไลน์ทั้งหมดเป็นมาตรฐานการศึกษาตามยาวในช่วงเวลาสถานะของเซลล์หรือการรักษาจึงสามารถเปรียบเทียบได้โดยตรงลดความคลุมเครือและเสริมสร้างข้อสรุป

ติดต่อ tการกระทํา

พร้อมสําหรับท่อส่งที่ตรวจสอบย้อนกลับได้และจุดสูงสุดที่ทําซ้ําได้แล้วหรือยัง สําหรับ TF, histone หรือ Pol II ChIP-seq โปรดติดต่อ Longlight เพื่อจองคําปรึกษา เริ่มส่งตัวอย่าง หรือชมรายงานตัวอย่างพร้อมตัวชี้วัด QC เราจะช่วยคุณแปลงข้อมูล ChIP-seq ให้เป็นข้อมูลเชิงลึกที่นําไปใช้ได้จริงด้วยการวิเคราะห์ข้อมูลที่ได้มาตรฐาน QC แบบ end-to-end และผลงานที่สมบูรณ์ซึ่งปรับให้เหมาะกับเป้าหมายการวิจัยของคุณ