Sonication ที่เน้นสําหรับ Microtubes ปกป้องตัวอย่างที่มีค่าได้อย่างไร

Focused Sonication for Microtubes กําลังเปลี่ยนวิธีที่ห้องปฏิบัติการปฏิบัติต่อตัวอย่างที่มีค่าที่สุดอย่างเงียบ ๆ เมื่อคุณมี DNA, RNA หรือโปรตีนเพียงไม่กี่ไมโครลิตร ทุกขั้นตอนจะรู้สึกเสี่ยง วงจร sonication ที่รุนแรงหนึ่งรอบอาจหมายถึงชิ้นส่วนที่แตกหักวัสดุที่สูญหายหรือข้อมูลการจัดลําดับที่ไม่ดี แต่ห้องปฏิบัติการหลายแห่งยังคงพึ่งพาวิธีการแบบดั้งเดิมที่ควบคุมยาก เหตุใดนักวิจัยจํานวนมากขึ้นจึงเปลี่ยนไปใช้ sonication แบบท่อปิดแบบโฟกัสและมันทําอะไรที่แตกต่างออกไป?

(ChIP Sequencing (ChIP-seq): หลักการ ขั้นตอน การใช้งาน ไดอะแกรม)

การ sonication ที่มุ่งเน้นในไมโครทูบใช้อัลตราซาวนด์ความถี่สูงและแม่นยําเพื่อประมวลผลตัวอย่างภายในหลอดที่ปิดสนิท พลังงานจะโฟกัสตรงตําแหน่งที่ตัวอย่างอยู่ แทนที่จะกระจายไปทั่วอ่างน้ําทั้งหมดหรือผ่านโพรบที่ใช้ร่วมกัน วิธีการนี้ได้กลายเป็นเครื่องมือในการตัดดีเอ็นเอสําหรับการจัดลําดับรุ่นต่อไปการกระจายตัวของโครมาตินสําหรับ ChIP-seq การรักษาตัวอย่าง FFPE และการหยุดชะงักของเซลล์หรือเนื้อเยื่อที่ยากลําบากในการวิจัยมะเร็งและจุลชีววิทยา การศึกษาจีโนมและโปรตีโอมิกส์ที่มีผลกระทบสูงจํานวนมากในขณะนี้ขึ้นอยู่กับชนิดของการควบคุม sonication เพื่อให้ได้ชิ้นส่วนที่สะอาดและทําซ้ําได้ แต่คําถามที่แท้จริงคือ: เทคโนโลยีนี้ปกป้องตัวอย่างที่เปราะบางได้ดีกว่าเครื่องมือที่คุณมีอยู่แล้วบนม้านั่งของคุณได้อย่างไร

เหตุใดตัวอย่างที่มีค่าจึงต้องการการปกป้องเป็นพิเศษ

ห้องปฏิบัติการส่วนใหญ่มีลิ้นชักหรือกล่องที่ทุกคนดูแลอย่างระมัดระวัง ข้างในมีสิ่งต่างๆ เช่น ตัวอย่างผู้ป่วยที่หายาก การตรวจชิ้นเนื้อด้วยเข็ม การแยกจุลินทรีย์ที่ไม่เหมือนใคร หรือบล็อก FFPE ที่ไม่สามารถถูกแทนที่ได้ ตัวอย่างเหล่านี้มักจะมีปริมาณน้อยและไม่ง่ายที่จะได้มาอีก ในขณะเดียวกัน พวกเขาคาดว่าจะป้อนเวิร์กโฟลว์ปลายน้ําที่มีความต้องการสูง เช่น NGS, โปรตีโอมิกส์ หรือ MALDI-TOF MS

แต่ตัวอย่างเหล่านี้จํานวนมากยังคงผ่านขั้นตอนการเตรียมแบบเก่า เครื่อง sonicator อ่างน้ําและระบบโพรบเป็นเรื่องปกติ แต่ไม่ได้ออกแบบมาโดยคํานึงถึงความต้องการความไวและปริมาณงานในปัจจุบัน พลังงานกระจายไปทั่วอ่างแทนที่จะโฟกัสไปที่ตัวอย่างอย่างแม่นยํา ต้องทําความสะอาด เปลี่ยนตําแหน่ง และตรวจสอบโพรบด้วยมือ อุณหภูมิสามารถสูงขึ้นโดยไม่มีใครสังเกตเห็นจนกว่าจะสายเกินไป

(โปรโตคอลที่ปรับให้เหมาะสมสําหรับ ChIP-Seq จากการเพาะเลี้ยงสเต็มเซลล์ตัวอ่อนของมนุษย์)

• รูปนี้สรุปเวิร์กโฟลว์ ChIP สามส่วน

ส่วนที่ 1: การเพาะเลี้ยงเซลล์ต้นกําเนิดตัวอ่อนของมนุษย์ถูกแยกออกจากเซลล์เดี่ยวและบําบัดด้วยฟอร์มาลดีไฮด์เพื่อแก้ไขปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนกับดีเอ็นเอ

ส่วนที่ 2: โครมาตินคงที่ถูกไลซ์และ sonicated ในบัฟเฟอร์เกลือสูงเพื่อเฉือน DNA ให้เป็นชิ้นส่วน มีการเพิ่มแอนติบอดีต่อโปรตีนจําเพาะและภูมิคุ้มกันเชิงซ้อนจะถูกจับด้วยลูกปัดแม่เหล็กจากนั้นล้างอย่างกว้างขวาง โครมาตินที่ถูกผูกมัดจะถูกชะออกจากลูกปัด

ส่วนที่ 3: การเชื่อมโยงข้ามกลับด้านและดีเอ็นเอถูกทําให้บริสุทธิ์ คุณภาพของตัวอย่างได้รับการประเมินโดยการเสริมสร้าง qPCR และการกระจายขนาดชิ้นส่วน DNA หลังจากนั้นตัวอย่างที่เหมาะสมจะดําเนินการจัดลําดับปริมาณงานสูง

เมื่อเวลาผ่านไป ปัญหาเล็กๆ น้อยๆ เหล่านี้จะเพิ่มขึ้น คุณเห็นขนาดชิ้นส่วนที่ไม่สอดคล้องกันในการตัดดีเอ็นเอ ตัวอย่างโปรตีนสูญเสียกิจกรรม การทําซ้ํามีพฤติกรรมแตกต่างกันแม้ว่าโปรโตคอลจะ "เหมือนกัน" เมื่อตัวอย่างหายากหรือมีราคาแพงผลลัพธ์เหล่านี้ไม่เพียง แต่น่าหงุดหงิด แต่ยังมีค่าใช้จ่ายสูง

✅ความเสี่ยงที่ซ่อนอยู่ใน Sonication แบบธรรมดา

•การสูญเสียตัวอย่างหรือการก่อตัวของละอองลอยเมื่อเปิดหลอด

•การปนเปื้อนข้ามหากใช้โพรบเดียวกับหลายตัวอย่าง

•ความร้อนสูงเกินไปในอ่างน้ําทําลายโมเลกุลที่บอบบาง

•ความแปรปรวนระหว่างผู้ปฏิบัติงานกับผู้ปฏิบัติงานในการตั้งค่าและการจัดการ

•ใช้เวลาเพิ่มเติมในการวิ่งคุณภาพต่ําหรือล้มเหลวซ้ํา

สําหรับตัวอย่างที่มีอยู่เพียงครั้งเดียวความเสี่ยงระดับนี้ยากที่จะพิสูจน์ได้ นี่คือเหตุผลที่ห้องปฏิบัติการจํานวนมากขึ้นหันมาใช้ Focused Sonication for Microtubes เพื่อนําการเตรียมตัวอย่างไปสู่สภาพแวดล้อมที่สะอาดปิดและควบคุมได้

วิธีการ Sonication ที่มุ่งเน้นสําหรับ Microtubes ทํางานวัน to วัน

แทนที่จะเติมถังและหวังว่าพลังงานอัลตราซาวนด์จะไปถึงตําแหน่งที่ถูกต้อง Focused Sonication for Microtubes จะนําพลังงานนั้นไปยังไมโครทูบที่ปิดสนิทด้วยวิธีที่ควบคุมได้ เครื่องอัลตราโซนิกที่เน้นเดสก์ท็อปขนาดกะทัดรัดจาก ซีรีส์ BoFU ใช้เทคโนโลยีอะคูสติกคอนโฟกัสเพื่อโฟกัสคลื่นเสียงความถี่สูงและความยาวคลื่นสั้นอย่างแม่นยําที่ตําแหน่งตัวอย่างในแต่ละหลอด

ระบบมีตําแหน่งหลุมตัวอย่างมากถึง 16 ตําแหน่ง คุณสามารถเลือกที่จะเรียกใช้ตัวอย่างที่สําคัญเพียงตัวอย่างเดียวหรือตัวอย่างที่คล้ายคลึงกันทั้งชุด สําหรับแต่ละหลอดคุณมีอิสระที่จะตั้งค่าเงื่อนไข sonication ของตัวเอง จุลินทรีย์ที่เหนียวแน่น และดีเอ็นเอจีโนมมาตรฐานไม่จําเป็นต้องใช้โปรโตคอล "ขนาดเดียวที่เหมาะกับไม่มีเลย" แต่ละคนจะได้รับโปรไฟล์พลังงานที่ต้องการ

กระบวนการทั้งหมดไม่สัมผัส ตัวอย่างยังคงอยู่ในไมโครทูบปิดระหว่างการ sonication อัลตราซาวนด์เดินทางผ่านสื่ออะคูสติกจับคู่เข้ากับผนังท่อแล้วเข้าไปในตัวอย่าง ไม่มีการสัมผัสโดยตรงกับโพรบ และไม่มีท่อเปิดสัมผัสกับสิ่งแวดล้อม การออกแบบนี้ช่วยลดโอกาสในการปนเปื้อนและลดความยุ่งยากในการทําความสะอาด

อุณหภูมิเป็นอีกประเด็นสําคัญ ระบบใช้การตั้งค่าการตรวจจับและควบคุมอุณหภูมิที่มีความไวสูงซึ่งช่วยให้พื้นที่ตัวอย่างมีอุณหภูมิต่ําและคงที่ตลอดการทํางาน คุณสามารถเรียกใช้ sonication ที่มีประสิทธิภาพและมีประสิทธิภาพโดยไม่ต้องกังวลว่าการสะสมความร้อนจะทําลาย DNA, RNA หรือโครงสร้างโปรตีน สําหรับการจัดลําดับหรือโปรตีโอมิกส์รุ่นต่อไปการควบคุมอุณหภูมิที่เสถียรนี้เป็นสิ่งสําคัญสําหรับการกระจายขนาดชิ้นส่วนที่สม่ําเสมอและข้อมูลที่เชื่อถือได้

ในระดับปฏิบัติ Focused Sonication for Microtubes ยังมีจุดมุ่งหมายเพื่อทําให้วันของผู้ปฏิบัติงานง่ายขึ้น คุณสามารถ:

•จัดการตัวอย่างได้อย่างยืดหยุ่น 1 – 16 ตัวอย่างด้วยเงื่อนไขเฉพาะ

•ใช้โหมดการประมวลผลแบทช์สําหรับการจัดการตัวอย่างที่คล้ายกันในคลิกเดียว

•ทํางานในสภาพแวดล้อมที่เงียบสงบโดยไม่มีกล่องฉนวนกันเสียงเพิ่มเติม

•พึ่งพาการระบายน้ําอัตโนมัติและการตรวจสอบระดับน้ําเพื่อการวิ่งที่ปลอดภัยยิ่งขึ้น

•เรียกใช้ทุกอย่างจากระบบปฏิบัติการในตัวโดยไม่ต้องใช้พีซีภายนอก

•ดึงข้อมูลการประมวลผลโดยละเอียดในภายหลังสําหรับเอกสารและการตรวจสอบ

ทั้งหมดนี้ช่วยเปลี่ยน sonication จากขั้นตอนที่มีเสียงดังด้วยตนเองเป็นส่วนที่มีการควบคุมและจัดทําเป็นเอกสารของเวิร์กโฟลว์ของคุณ

จาก Pain Point รายวัน to ผลลัพธ์ที่มั่นใจ

หากคุณดูเวิร์กโฟลว์จีโนมิกส์และโปรตีโอมิกส์สมัยใหม่ การเตรียมตัวอย่างส่วนหน้ามักเป็นขั้นตอนอัตโนมัติน้อยที่สุดและเปราะบางที่สุด คุณอาจเป็น:

•การแยกส่วนจีโนมดีเอ็นเอสําหรับห้องสมุด NGS

•การแปรรูปเชื้อราเส้นใยหรือ Mycobacteria สําหรับ MALDI-TOF MS

•การรบกวนเซลล์และเนื้อเยื่อสําหรับการสกัดจีโนมหรือโปรตีน

•การกําจัด FFPE ตัวอย่างก่อนการวิเคราะห์ปลายน้ํา

แต่ละงานเหล่านี้ผลักดันการจัดการตัวอย่างของคุณให้ถึงขีดจํากัด ปริมาณมีขนาดเล็ก เป้าหมายมีความอ่อนไหว การทดสอบปลายน้ําต้องการคุณภาพสูง ในขณะเดียวกันทีมห้องปฏิบัติการก็อยู่ภายใต้แรงกดดันในการประมวลผลตัวอย่างมากขึ้นโดยมีข้อผิดพลาดน้อยลง

ด้วยการแนะนํา Focused Sonication สําหรับ Microtubes ในภาพนี้จะทําให้ขั้นตอนที่สําคัญมีเสถียรภาพ เครื่องมือในสายอัลตราซาวนด์ที่โฟกัส BoFU ได้รับการสอบเทียบอย่างระมัดระวังเพื่อให้ประสิทธิภาพสอดคล้องกันในทุกหน่วย ซึ่งช่วยลดความแปรปรวนระหว่างอุปกรณ์ ห้องปฏิบัติการ หรือผู้ปฏิบัติงานต่างๆ เมื่อโปรโตคอล sonication ได้รับการปรับให้เหมาะสมแล้วคุณสามารถพึ่งพามันเป็นมาตรฐานแทนที่จะเป็นเป้าหมายที่เคลื่อนที่

ระบบยังรองรับการตรวจสอบย้อนกลับ สามารถเรียกดูข้อมูลการประมวลผลตัวอย่างได้ตลอดเวลา ซึ่งมีประโยชน์สําหรับการตรวจสอบความถูกต้องของวิธีการ การตรวจสอบคุณภาพ หรือการแก้ไขปัญหา หากการวิ่ง NGS ทํางานโดยไม่คาดคิดคุณสามารถย้อนกลับไปและยืนยันว่าขั้นตอน sonication ถูกดําเนินการอย่างไร

จากมุมมองการดําเนินงานการประมวลผลที่เร็วขึ้นการทํางานที่ล้มเหลวน้อยลงและการใช้วัสดุหายากที่ดีขึ้นล้วนแปลเป็นต้นทุนต่อผลลัพธ์ที่ลดลง ด้วยขั้นตอน sonication ที่เชื่อถือได้มากขึ้นนักวิทยาศาสตร์จะทําการทดลองซ้ําน้อยลงและย้ายไปสู่การตีความข้อมูลได้เร็วขึ้น งบประมาณยืดเยื้อมากขึ้น และคาดการณ์ไทม์ไลน์ได้ง่ายขึ้น สิ่งสําคัญที่สุดคือตัวอย่างที่มีค่าที่สุดของคุณจะไม่เสี่ยงอีกต่อไป

การคิด aการแข่งขัน tตัวอย่างที่สําคัญต่อไปที่คุณประมวลผล?

หากคุณยังคงพึ่งพาระบบอาบน้ําหรือโพรบรุ่นเก่า ให้ถามตัวเองว่าตรงกับความต้องการด้านความไวในปัจจุบันหรือไม่ Focused Sonication for Microtubes ช่วยให้คุณ:

•ลดความเสียหายต่อ DNA, RNA และโปรตีนที่ละเอียดอ่อน

•ลดความแปรปรวนระหว่างผู้ปฏิบัติงานและสถานที่

•สนับสนุนโครงการที่มีเดิมพันสูงในการจัดลําดับและโปรตีโอมิกส์

คํากระตุ้นการตัดสินใจ:

ดูขั้นตอน sonication ของคุณใหม่และระบุว่าคุณภาพหายไปตรงไหน จากนั้นพิจารณาว่าการ sonication แบบ microtube ที่มุ่งเน้นสามารถปิดช่องว่างเหล่านั้นได้อย่างไร จากนั้นพูดคุยกับทีมของเราเกี่ยวกับการรวมเครื่องอัลตราโซนิกที่มุ่งเน้นจากซีรีส์ BoFU เข้ากับเวิร์กโฟลว์ของคุณ ด้วย Focused Sonication for Microtubes คุณสามารถลดความเสี่ยง ลดเวลาลงมือปฏิบัติจริง และรับผลลัพธ์ที่เชื่อถือได้มากขึ้นจากทุกไมโครลิตรอันมีค่าบนม้านั่งของคุณ