วิธีลดข้อผิดพลาดในการเชื่อมขวางแมสสเปกโตรเมตรี

Cross-Linking Mass Spectrometry (XL-MS) ได้ขับเคลื่อนการศึกษาระดับนานาชาติที่สําคัญ ตั้งแต่การทําแผนที่เชิงบูรณาการของคอมเพล็กซ์รูพรุนนิวเคลียร์ของมนุษย์ไปจนถึงการวิเคราะห์ในเซลล์ทั่วทั้งโปรตีโอมโดยใช้ตัวเชื่อมโยงที่แยกได้ MS เช่น DSSO และงานปฏิสัมพันธ์โปรตีน SARS-CoV-2 อย่างรวดเร็ว การใช้งานครอบคลุมชีววิทยาโครงสร้างและการสร้างแบบจําลองแบบบูรณาการ (ข้อจํากัดสําหรับ cryo-EM/NMR), interactomics ดั้งเดิม, พลวัตเชิงปริมาณ (QCLMS), สถาปัตยกรรมโครมาติน/RNP, การทําแผนที่ epitope และอินเทอร์เฟซสําหรับชีววิทยา และการศึกษากลไกการออกฤทธิ์ในไวรัสวิทยาและการค้นพบยา XL-MS ช่วยเสริมวิธีการแบบคลาสสิกโดยการจับข้อจํากัดด้านระยะทางในโซลูชันและแม้กระทั่งในแหล่งกําเนิด ทําให้สามารถเข้าใจโครงสร้างระดับระบบได้

(กลไกระดับโมเลกุลของปฏิสัมพันธ์ระหว่าง SARS-CoV-2

และเซลล์โฮสต์และการบําบัดแบบแทรกแซง การส่งสัญญาณและการบําบัดแบบกําหนดเป้าหมาย)

Cross-Linking Mass Spectrometry (XL-MS) เป็นวิธีที่มีประสิทธิภาพในการสร้างแผนภูมิปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนกับโปรตีน แต่ห้องปฏิบัติการหลายแห่งยังคงต่อสู้กับผลบวกที่ผิดพลาดซึ่งทําให้ชีววิทยาที่แท้จริงเบลอและการตัดสินใจช้า ที่ Longlight Technology เราจัดการกับปัญหาที่ต้นตอ – เคมีที่แน่นหนา การเตรียมการที่ทําซ้ําได้ และการวิเคราะห์ที่โปร่งใส – ดังนั้นคุณจึงสามารถไว้วางใจแผนที่ที่คุณสร้างได้

1) เหตุใดผลบวกที่ผิดพลาดจึงเกิดขึ้น – และวิธีที่พวกเขาคืบคลานเข้ามา

ผลบวกปลอมไม่ค่อยเริ่มต้นที่ขั้นตอนซอฟต์แวร์ พวกเขาเริ่มต้นที่ม้านั่งสํารอง การเชื่อมขวางมากเกินไปผลักดันโปรตีนให้เป็นคู่ที่ไม่ใช่ทางสรีรวิทยา การดับน้อยเกินไปจะปล่อยให้กลุ่มปฏิกิริยาที่เชื่อมโยงต่อไปในขณะที่คุณจัดการตัวอย่าง การย่อยเอนไซม์ที่เร่งรีบหรือไม่สอดคล้องกันจะสร้างสายพันธุ์เปปไทด์ที่ปลอมตัวเป็นลิงค์ขวางที่แท้จริง เพิ่มเมทริกซ์ที่ซับซ้อนและบอลลูนพื้นที่ค้นหา ทําให้สเปกตรัมเส้นขอบดูน่าเชื่อถือ

ความเป็นจริงในแต่ละวันเพิ่มความเสี่ยงมากขึ้น บัฟเฟอร์ที่เตรียมไว้เล็กน้อย การดับที่ใช้เวลานาน 5 นาที เอนไซม์ที่แตกต่างกันมาก ไม่มีความผิดพลาดใดที่ดูเหมือนจะน่าทึ่งเพียงอย่างเดียว แต่เมื่อรวมกันแล้วจะเขยิบ Cross-Linking Mass Spectrometry ไปสู่ข้อผิดพลาด ผลลัพธ์ที่ได้คือชุดข้อมูลที่ "ดู" สมบูรณ์ แต่ต้องใช้เวลาหลายชั่วโมงในการคัดกรองเพื่อค้นหาสิ่งที่สําคัญอย่างแท้จริง

แม้จะมีหลุมพรางเหล่านี้ แต่ XL-MS ก็มีจุดแข็งเฉพาะตัวที่คุณไม่อยากทื่อ การเชื่อมขวางทางเคมีควบคู่ไปกับแมสสเปกโตรเมตรีทําให้คอมเพล็กซ์มีเสถียรภาพก่อนการวิเคราะห์รักษาปฏิสัมพันธ์ที่มีอายุสั้นหรืออ่อนแอและให้เบาะแสเชิงพื้นที่เกี่ยวกับการจัดเรียงและการเชื่อมต่อของโปรตีน รองรับโปรตีโอมิกส์โครงสร้าง สามารถทําได้ในเซลล์ และไม่ต้องใช้ฉลากพิเศษ เป้าหมายไม่ใช่เพื่อชะลอวิธีการ แต่เป็นการขจัดเสียงรบกวนโดยไม่สูญเสียความเร็ว

✅ จุดบกพร่องทั่วไปที่เราเห็น

•การเชื่อมโยงข้ามที่ไม่เฉพาะเจาะจงเกิดขึ้นระหว่างการเตรียมตัวอย่าง

•การเชื่อมโยงข้ามที่มีความอุดมสมบูรณ์ต่ําถูกฝังด้วยเปปไทด์มากมาย

• การย่อยอาหารที่ไม่สมบูรณ์หรือไม่สม่ําเสมอซึ่งทําให้เกิดสิ่งประดิษฐ์

•การค้นหากว้างจับคู่กับตัวกรองผ่อนปรนในการวิเคราะห์ข้อมูล

ปัญหาเหล่านี้สามารถแก้ไขได้ด้วยมุมมองระบบแทนที่จะเป็นการแก้ไขในขั้นตอนเดียว

2) แสงยาว‘แนวทางของระบบในการลดผลบวกปลอม

มุมมองของเราเรียบง่าย: ถือว่า Cross-Linking Mass Spectrometry เป็นห่วงโซ่ที่เชื่อมต่อกัน – เคมี การเตรียมการ การตรวจจับ และการตีความ เราออกแบบแผนการเชื่อมขวางตามคําถามทางชีววิทยาและประเภทตัวอย่างของคุณ จากนั้นรักษาเงื่อนไขให้แน่น เป็นเอกสาร และทําซ้ําได้

✅ การเพิ่มคุณค่าที่ Rบรรเทา Sอิกนัล Aวัว Nโออิเสะ

เปปไทด์แบบเชื่อมขวางนั้นหายากตามคําจํากัดความ เราเน้นการเพิ่มคุณค่าแบบเลือกหลังการย่อยเพื่อเพิ่มสัดส่วนก่อนที่เครื่องมือจะเห็นตัวอย่าง อินพุตที่สะอาดกว่าจะช่วยลดการระบุตัวตนที่คลุมเครือและลดอัตราการค้นพบที่ผิดพลาดที่มีประสิทธิภาพของคุณ ผลที่ได้คือประโยชน์: ความมั่นใจที่ดีขึ้นด้วยการช่วยเหลือด้วยตนเองที่ปลายน้ําน้อยลง

✅ ห้า Habits ที่ Compound เป็น Cผอมลง Dอาตะ

•เริ่มต้นด้วยแผนการเชื่อมโยงข้ามที่ขับเคลื่อนด้วยคําถามไม่ใช่โปรโตคอลขนาดเดียว

•ควบคุมการเชื่อมโยงอุณหภูมิและหน้าต่างดับด้วยระเบียบวินัยเดียวกันทุกครั้งที่วิ่ง

• สร้างมาตรฐานการย่อยอาหารและการทําความสะอาดเพื่อจํากัดเปปไทด์ที่มีลักษณะคล้ายกัน

•ใช้การเพิ่มคุณค่าที่ตรงเป้าหมายเพื่อเพิ่มผลผลิตเปปไทด์แบบเชื่อมขวางก่อน MS

•กําหนดและจัดทําเอกสารเกณฑ์การวิเคราะห์ที่เชื่อมโยงกับเป้าหมายการศึกษาจากนั้นยึดติดกับพวกเขา

ระเบียบวินัยนี้รักษาเงื่อนไขการชนะของ XL-MS: ปริมาณงานสูง การบังคับใช้ภายในเซลล์ และไม่มีการติดฉลากพิเศษ เมื่อการเรียกโครงสร้างมีความสําคัญ เราแนะนําให้จับคู่ Cross-Linking Mass Spectrometry กับวิธีการตั้งฉาก เช่น cryo-EM หรือผลึกเอ็กซ์เรย์ การผสมผสานนี้ช่วยลดความเสี่ยงในการตีความจากเทคโนโลยีเดียว และช่วยสร้างโมเดลที่ทีมของคุณสามารถป้องกันได้

อะไรนะ “Pเร็กติคัล“ Looks like in และของเรา Lไป

เราไม่ขอให้คุณเปลี่ยนวิทยาศาสตร์ของคุณ – เพียงเพื่อล็อคตัวแปรที่สําคัญเท่านั้น คุณจะได้รับแผนประทับเวลา การตรวจสอบรีเอเจนต์ และรายการจุดควบคุมสั้น ๆ ที่ช่างเทคนิคสามารถติดตามได้จริง ผลลัพธ์ไม่เพียงแต่เป็นข้อมูลที่สะอาดกว่าเท่านั้น เป็นกระบวนการที่คุณสามารถทําซ้ําได้ในไตรมาสหน้าด้วยตัวอย่างใหม่และความมั่นใจเช่นเดียวกัน

ซีทีเอ: ต้องการผลบวกที่ผิดพลาดน้อยลงและแผนที่การโต้ตอบที่คมชัดขึ้นใช่ไหม พูดคุยกับ Longlight Technology เกี่ยวกับแผน XL-MS ที่ขับเคลื่อนด้วยคําถามที่เหมาะกับตัวอย่างและไทม์ไลน์ของคุณ

(แมสสเปกโตรเมตรีแบบเชื่อมขวางเผยให้เห็นปฏิสัมพันธ์ระหว่างไลโปโปรตีนความหนาแน่นสูง

และ SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein – ScienceDirect)

3) จากตัวอย่างสู่รายงาน: บริการ XL-MS แบบ end-to-end ที่คุณสามารถตรวจสอบได้

คุณสามารถจัดส่งวัสดุที่เชื่อมขวางล่วงหน้า หรือเราจะช่วยออกแบบกลยุทธ์การเชื่อมขวางแล้วรับตัวอย่าง จากนั้นทีมงานของเราดําเนินการย่อยเอนไซม์การเพิ่มคุณค่าแบบเลือกการตรวจจับมวลสเปกโตรเมตรีแบบเชื่อมขวางและการวิเคราะห์ข้อมูลที่มีโครงสร้าง รายงานขั้นสุดท้ายแสดงเครือข่ายการโต้ตอบและไซต์ลิงก์ข้ามด้วยวิธีการที่ชัดเจน เพื่อให้ทีมของคุณสามารถทําซ้ํา ปรับขนาด หรือรวมเข้ากับการศึกษาอื่นๆ ได้

อะไรนะ และหรือ Rรับ, Sเทป บาย Sเทพ

การวางแผน→กลยุทธ์การเชื่อมโยงข้าม→การย่อย→การเพิ่มคุณค่า→การตรวจจับ→ตีความ แต่ละขั้นตอนประกอบด้วยจุดตรวจและบันทึกย่อ หากมีบางอย่างล่องลอย เราจะเห็นว่าที่ไหนและทําไม การตรวจสอบย้อนกลับนั้นช่วยลดความคลุมเครือและทําให้การค้นพบของคุณคงที่โดยไม่ต้องดับเพลิงอย่างต่อเนื่อง

ข้อเสนอ XL-MS ของเราอยู่ในระบบนิเวศของผลิตภัณฑ์และบริการที่กว้างขึ้นซึ่งออกแบบมาเพื่อให้ห้องปฏิบัติการของคุณก้าวไปข้างหน้า เราสนับสนุนจีโนมและโปรตีโอมิกส์สมัยใหม่ด้วยเครื่องมือขั้นสูง รีเอเจนต์ที่เชื่อถือได้ และวัสดุสิ้นเปลืองที่เหมาะกับวัตถุประสงค์ ความต่อเนื่องนั้นมีความสําคัญ: ยิ่งมีการส่งต่อระหว่างผู้ขายน้อยลงเท่าไร ก็ยิ่งรักษาคุณภาพในโครงการต่างๆ ได้ง่ายขึ้นเท่านั้น

นอกเหนือจาก Cross-Linking Mass Spectrometry แล้ว เรายังเปิดใช้งานแอปพลิเคชันเสริมที่หลายทีมทํางานพร้อมกัน สําหรับคําถามเกี่ยวกับโปรตีน-โครมาติน เราสนับสนุน ChIP-seq โดยรวมการตกตะกอนของภูมิคุ้มกันโครมาตินเข้ากับการจัดลําดับรุ่นต่อไปเพื่อระบุตําแหน่งจีโนมที่ผูกมัดโดยปัจจัยการถอดความหรือฮิสโตนที่เฉพาะเจาะจง สําหรับเวิร์กโฟลว์ประจําวัน เรามีวัสดุสิ้นเปลืองและชุดอุปกรณ์ เช่น เจลอะกาโรสสําเร็จรูป เครื่องกําจัดกรดนิวคลีอิก หลอดคิวบิต ชุดสกัดกรดนิวคลีอิก และชุดเตรียมห้องสมุด เพื่อให้คุณสามารถรักษามาตรฐานที่สอดคล้องกันตั้งแต่การบริโภคตัวอย่างไปจนถึงการส่งข้อมูล

ทําไม Tอีเอ็มเอส Cเทคโนโลยี hoose Longlight

• พันธมิตรเดียวสําหรับเคมี การออกแบบเวิร์กโฟลว์ และการวิเคราะห์ XL-MS

• วิธีการที่ชัดเจนและตรวจสอบได้ซึ่งปรับขนาดตั้งแต่การนําร่องไปจนถึงการผลิต

• เครื่องมือ รีเอเจนต์ และวัสดุสิ้นเปลืองที่รองรับจีโนมและโปรตีโอมิกส์ภายใต้หลังคาเดียวกัน

ผลตอบแทนไม่ใช่นามธรรม ผลบวกที่ผิดพลาดน้อยลงหมายถึงการตัดสินใจที่เร็วขึ้นตัวเลขที่น่าเชื่อถือมากขึ้นและใช้เวลาน้อยลงในการโต้เถียงกับข้อมูลของคุณเอง นักวิทยาศาสตร์ของคุณสามารถมุ่งเน้นไปที่ชีววิทยา ไม่ใช่การคัดกรอง ผู้มีส่วนได้ส่วนเสียของคุณเห็นความคืบหน้า ไม่ใช่คําเตือน และโมเดลของคุณจะนําไปสู่โปรแกรมถัดไปด้วยการแก้ไขที่น้อยลงและหลักฐานที่ชัดเจนยิ่งขึ้น

ซีทีเอ: พร้อมที่จะกระชับไปป์ไลน์ XL-MS ของคุณและตัดเสียงรบกวนที่แหล่งกําเนิดแล้วหรือยัง? ติดต่อ Longlight Technology เพื่อนัดหมายการให้คําปรึกษาสั้น ๆ เราจะร่างเวิร์กโฟลว์การเพิ่มคุณค่าเปปไทด์แบบเชื่อมขวางที่ปกป้องความจําเพาะ เร่งการวิเคราะห์ และทําให้ข้อมูล Cross-Linking Mass Spectrometry ของคุณเชื่อถือได้ง่ายขึ้น